Koło Naukowe Bioinformatyki BIT

W ramach seminarium mgr Ewa Matczyńska pokazała uczestnikom przebieg podstawowej analizy danych NGS w celach diagnostycznych. Począwszy od surowych odczytów sekwencji prowadząca sprawnie przeszła do zidentyfikowania wariantów w genomie. Pomimo problemów technicznych, pani Ewa była wciąż uśmiechnięta i z radością odpowiadała na pytania zainteresowanych, odnośnie jej pracy, jak i ogólnego zawodu bioinformatyka. Spotkanie było bardzo przyjemne, gdyż miało charakter bardziej praktyczny, a atmosfera była luźna i towarzyska. Czekamy na kolejne takie seminarium!

Uczestnicy dostali skrypt, z którego korzystali na warsztatach. W nim były zawarte polecenia które należało wykonać w grupach dwuosobowych. Podczas wykonywania instrukcji prowadzący (P. Kania, R. Klimek) pomagali w razie jakichkolwiek problemów. Uczestnicy przeprowadzili symulację dynamiki molekularnej danego białka w środowisku wodnym oraz dowiedzieli się o jakich elementach należy pamiętać podczas ich wykonywania. Dodatkowo poszczególne polecenia zostały wyjaśnione (np. użycie parametrów). Na koniec wszyscy mogli zobaczyć upragnioną wizualizację białka.

Na początku R. Szkotak przeprowadził seminarium, na którym wyjaśnił głównie na czym polega modelowanie molekularne cząsteczek. Podał programy, które pomagają w tej czynności i krótko je omówił. Zostało również wytłumaczone jak odczytywać informacje dotyczące cząsteczki na PDB.

Następnie w grupach zostały dokończone zadania z poprzednich warsztatów (w zależności kto na jakim etapie zakończył swoją pracę). Prowadzący nie tylko służyli radą, ale także pokazali pewne niuanse związane  z posługiwaniem się PyMolem (np. przydatne skróty, różne sposoby wydawania komend, jak polepszyć optyczny wygląd cząsteczki). Pokazali również z których stron warto korzystać podczas samodzielnej nauki.

Pierwsze warsztaty organizowane przez koło miały na celu przybliżenie podstawowych funkcji programu PyMol, służącego do modelowania molekularnego biocząsteczek. Uczestnicy zajęć korzystali ze skryptu, wcześniej przygotowanego przez członków Koła. Wprowadzał on w świat pyMola oraz zawierał zadania do samodzielnego rozwiązania. Ponadto prowadzący w składzie P. Kania, R. Orłowski, R. Klimek udzielali wskazówek podczas wykonywania zadań oraz dodatkowych informacji przydatnych w ogólnym posługiwaniem się programem PyMol.

Przewodnicząca Koła (K. Cibor) na wstępie seminarium przybliżyła strukturę BIT'u, przyszły plan działania oraz cele na przyszłość.

Następnie oddała głos dr n. med. Monice Piwowar, która zaczęła od krótkiej informacji na temat kierunku jakim jest bioinformatyka. W sposób zrozumiały zarówno dla infomatyków, jak i osób które są bardziej ukierunkowane pod względem biologicznym, przedstawiła związek bioinformatyki z medycyną. Podczas wykładu, który miał charakter bardziej konwersatoryjny, była możliwość zadawania pytań dr Piwowar, która z uśmiechem na twarzy odpowiadała zainteresowanym. Seminarium zyskało ogromne poparcie.

Na koniec pozostali członkowie Koła,  jak i osoby, które pragnęły dołączyć do niego mogli dowiedzieć się więcej na temat przyszłych działań oraz zapisać się do poszczególnych sekcji tematycznych.